“秉”字，最初是对流行藏区的原始宗教巫师的称谓。
尔后“秉”逐渐变为人们所信仰的——宗教的教名。
秉教起源于古代的X藏高原，具体而言，最先起源于西部阿里地区，也就是古代著述大多提到象雄。
辛饶米倭被认为是秉教的原始人，据传说，他是与佛祖释迦牟尼同时代的人。
辛饶米倭在秉教中的地位，就象释迦牟尼在佛教中地位一样。
秉教起源很早，在藏族第一代赞普—聂赤赞普的时候，就修建了第一座秉教寺院——拥忠拉泽色玛。在后来的发展过程中，秉教形成了三个宗派：笃秉、洽秉和觉秉。
笃秉起源于前藏雪文地方一个叫汝辛的巫师，时间是在第六代赞普达赤赞普时候。汝辛是当时秉教中最有名的大巫师，他不仅能通鬼神，而且还能役使鬼神。他把秉教以前的各种巫术加以总结，并把各地的教徒联合起来，形成了笃秉派，后来被称为秉教黑派。
笃秉形成后，藏区一时间巫术盛行，这种只重巫术的结果是逐步加剧秉教与赞普王室之间的矛盾。到了布德贡杰赞普时候，这种矛盾已经相当激化了。为了缓和矛盾，秉教教徒从克什米尔、勃律和象雄请来了三位秉教巫师。这三位巫师给秉教注入了一套教义，结束了秉教没有宗教理论而只重巫术的历史，这样就形成了洽秉。
洽秉在藏区一直盛行到吐蕃王朝。在吐蕃王朝中期，佛教经尼泊尔传入藏区，佛、秉为了自身的生存和发展，开始相互大量地兼收并蓄。这种佛教化的秉教就被称作“觉秉”，“觉”在藏语里是翻译、改变、染色的意思。这是一个漫长而带有血腥的过程……
大约在一千四百年前，当佛教传入藏区后，佛秉之间曾有过长达数百年的较量，相争相融是两教斗争的最终结果。
早期的吐蕃以“秉教治国”，历代赞普身旁都有秉教师，参与国政。而且秉教的巫师、占卜者往往都由大臣的儿子担任，他们形成了一个庞大的权力集团。
一代英王松赞干布即位后，决心扭转王室权力失控的危险，尤其在意识形态方面需要注入一种新的思想。正在这时，佛教传入，他看到了希望，便大力宣扬倡导佛法，翻译佛经，迎请大唐文成公主和尼泊尔赤尊公主入藏，先后建造桑耶寺和大小昭寺。这种压抵秉教的举措，引起了秉教集团的强烈不满和抵抗。
松赞干布去世后，佛秉之争进入白热化。杀死哥哥获得王位的赞普朗达玛用极端的措施灭佛兴秉。
三年后，朗达玛又被佛教徒射杀。吐蕃王室发生内乱，在平民起义的大潮下，吐蕃王朝崩溃。从此藏族社会进入了长达400年之久的动乱时期。几代藏王精心扶持的佛教也遭重创。历史上把佛教传入X藏到朗达玛灭佛这一时期，称为藏传佛教的前弘期。
两百年后，大约在十一世纪初开始，佛教才又从今天的甘肃、青海和阿里这些青藏高原的边缘地带以星星之火开始复燃，逐步向青藏高原的中心发展，这是藏传佛教后弘期的开始。
后弘期的佛教接受第一次传教失败的教训，开始大量吸收秉教的仪式仪轨，法物法器为我所用。尤其是吸收秉教的生命观念，以适应藏族的心理定势。众多的秉教所拥有的山神战神也请进寺院成为佛教的护法神。这种佛教本地化的过程也就是藏传佛教确立自己风格的过程。藏传佛教从此便以燎原之势在广柔的青藏高原上传播。
其间教派林立，也说明藏传佛教发育的完善。尤其是历史上先后出现的四大教派宁玛派、噶举派、萨迦派和后来的格鲁派，各领风骚数百年，成为藏传佛教中的中坚力量。
此时的秉教也并没有歇着，朗达玛灭佛的暂时“胜利”，并没给秉教带来发展。秉教在反省和思索，转过来采取积极的姿态学习、吸收佛教的精华，尤其是建立起秉教理论体系，完成了许多秉教经典，以它山之石垒筑起自己的大厦基石。
这种佛秉两教相融合的现象，使今天的人们很难准确区分各自的传承。
但是，徐福在孜珠寺的几天游历中，还是注意到了秉教自身的不同于佛教的显著特征。
秉教的标识卍是古代先民对太阳神的崇拜，它以逆时针方向运行，秉教的转经方向也是如此。逆时针方向是与古代先民对天体运行方向的认知，体现了自然崇拜的精髓。
秉教师所用的鼓面绘有六角星，这是愤怒护法神的象征。
六角星中心的藏文字母代表了一些护法神和圆满的种子。
全黑的鼓面底色象征庄严，意在说明其他颜色即其他意识形态不能侵染。
秉教师的紧身坎肩都镶有蓝色布边。几位活佛的帽子上也装饰有相交的蓝色布条。跳法舞的衣着帽饰十分大气和富有朝气。有相当一部分的面具留有古代部落图腾的印记。法会上的供品中有用糌巴做的女性**形状的彩绘雕塑。
这里曾为女国，应是女性崇拜的历史遗存了。
祭祀仪式中全没了古老秉教宰杀牛羊血祭的场面，这是向佛教学习的结果。
这些现象，都是秉教吸收了和借鉴佛教优点融合之后的产物。
在秉教的教义中，宇宙被分为三层：即天、地、地下。
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